姓 名：朱瑞新

学 位：博士

导师情况：博士生导师

研究领域：生物信息学

研究方向：

1.宏基因组分析方法的发展(方法学小组)；

2.重大疾病（脂肪肝、肝癌、炎性肠病、结直肠癌、心衰和泌尿系统疾病）的病理研究及药物开发(疾病微生物小组)；

3.古菌与真核细胞功能起源(环境微生物小组);

4.中药复方多靶点机制及优化研究(中药现代化小组)

课题组网站：cadd.tongji.edu.cn

E-mail：rxzhu@tongji.edu.cn

个人简介:   

朱瑞新博士现任正规nba买球正规nba买球生物信息系教授、博士生导师。2001年毕业于兰州大学化学化工学院，获化学学士学位。2007年毕业于中国科学院上海有机化学研究所，获计算机化学博士学位。2007-2008年在上海生物信息技术研究中心从事科研工作。2008年至今在正规nba买球正规nba买球从事教学和科研工作。已发表SCI检索论文96篇(截止2021年11月)，其中以第一或通讯作者身份(含并列)在包括Gut，The Lancet Gastroenterology & Hepatology，Nature Ecology & Evolution，Nature Microbiology 和Nature Communications等知名期刊发表SCI论文60篇。主编出版了国内“计算机辅助药物设计”第一本本科生专业教材：《计算机辅助药物设计：基本方法原理概要与实践详解》（朱瑞新编著，大连理工大学出版社，2011年，ISBN 978-7-5611-6104-3）。任期刊Frontiers in Pharmacology(IF=5.810)和Frontiers in Microbiology(IF=5.640)副主编。

研究方向(详情参考cadd.tongji.edu.cn)

朱瑞新博士所领导的团队致力于生物信息驱动的宏基因组相关研究，尤其擅长于宏基因组相关算法开发以及微生物与宿主或环境互作分析。此外，团队还一直奋斗在实现中药现代化的伟大征途中，擅长于中药复方多靶点机制及优化研究。在研课题有： 

1. 宏基因组分析方法的发展(方法学小组)

(1) 基于因果推理的互作分析及“关键菌种(Keystone species)”确定研究

开发基于因果推理的微生物相互作用关系重构方法，进一步确定微生态紊乱的关键菌种。

(2) 系统发育树重构算法研究

系统地解决Metagenome-assembled genome(MAG)质控、Long branch attraction (LBA)/Guanine-cytosine content(GC-content)等引起的算法灾难、和多组学发育树融合等瓶颈问题，提升系统发育树重构算法准确率。

2. 重大疾病(脂肪肝、肝癌、炎性肠病、结直肠癌和心衰)的病理研究及药物开发(疾病微生物小组)

(1) 阐述重大疾病(脂肪肝、肝癌、炎性肠病、结直肠癌、心衰和泌尿系统疾病)发病机制

从宿主、微生物及两者相互作用三个层面系统研究重大疾病(脂肪肝、肝癌、炎性肠病、结直肠癌、心衰和泌尿系统)的发病机制，为后续药物研发确定靶标。

近年来，本团队尤其致力于开发液态活检靶标，实现癌症及慢性病的早筛或动态监控。

(2) 从深海代谢产物和中药资源中开发相关的治疗药物

综合运用虚拟筛选、有机合成和药理测试开发重大疾病(脂肪肝、肝癌、炎性肠病、结直肠癌、心衰和泌尿系统疾病)治疗和预防药物或保健品。

3. 真核细胞功能起源(环境微生物小组)

(1) 真核细胞功能的进化途径

整合系统发育树和功能代谢分析，重现真核细胞复杂功能的演化史。

(2) 新物种的确定及分类

建立规范的物种分类方法，并据此鉴定得到更多的新物种。

4. 中药复方多靶点机制及优化研究(中药现代化小组)

(1) 中药复方多靶点、多机制的定量研究

开发“通路模块化算法”，实现中药复方多靶点多机制的规范研究。

(2) 中药复方效应成分研究

发展“通路定量分析方法”，据此开展复方及其效应成分机制的比较研究，实现中药复方的优化。

主持的科研项目

1. 2022-2025，国家自然科学基金(编号: 82170542) 

2. 2018-2021，国家自然科学基金(编号: 81774152) 

3. 2016-2019，上海市自然科学基金-探索类项目(编号:16ZR1449800) 

4. 2015-2016，中央高校基本科研业务费专项资金-跨学科交叉项目(编号:10247201546)

5. 2013-2015，国家自然科学基金(编号:31200986) 

6. 2013-2014，中央高校基本科研业务费专项资金-英才计划(编号:2000219083) 

7. 2010-2012，教育部高等学校博士学科点专项科研基金(编号:2010-0072120050) 

8. 2008-2009，正规nba买球青年优秀人才培养行动计划(编号:2008KJ073) 

9. 2007-2010，上海市自然科学基金项目(编号:07ZR14085) 

10. 2015-至今，各种横向项目

十篇代表性论文

1. Ning-Ning Liu #, Na Jiao #, Jing-Cong Tan #, Ziliang Wang #, Dingfeng Wu, An-Jun Wang, Jie Chen, Liwen Tao, Chenfen Zhou, Wenjie Fang, Io Hong Cheong, Weihua Pan, Wanqing Liao, Zisis Kozlakidis, Christopher Heeschen, Geromy G. Moore, Lixin Zhu *, Xingdong Chen *, Guoqing Zhang *, Ruixin Zhu *, Hui Wang. (2021). Multi-kingdom microbiota analyses identify bacterial-fungal interactions and biomarkers of colorectal cancer across cohorts. Nature Microbiology. Accepted. 
   

2. Yuanqi Wu #, Na Jiao #, Ruixin Zhu *, Yida Zhang, Dingfeng Wu, An-Jun Wang, Sa Fang, Liwen Tao, Yichen Li, Sijing Cheng, Xiaosheng He,Ping Lan, Chuan Tian *, Ning-Ning Liu *, Lixin Zhu *. (2021). Identification of microbial markers across populations in early detection of colorectal cancer. Nature Communications. DOI: https://doi.org/10.1038/s41467-021-23265-y. 

3. Lu Fan†,*, Dingfeng Wu†, Vadim Goremykin†, Jing Xiao, Yanbing Xu, Sriram Garg, Chuanlun Zhang, William F. Martin*, Ruixin Zhu*. (2020). Phylogenetic analyses with systematic taxon sampling show that mitochondria branch within Alphaproteobacteria. Nature Ecology & Evolution, DOI: https://doi.org/10.1038/s41559-020-1239-x. 

4. Dingfeng Wu†, Wenxing Gao†, Xiaoyi Li†, Chuan Tian, Na Jiao, Sa Fang, Jing Xiao, Zhifeng Xu, Lixin Zhu*, Guoqing Zhang* and Ruixin Zhu*. (2020). Dr AFC: Drug Repositioning Through Anti-Fibrosis Characteristic. Briefings in Bioinformatics, DOI: https://doi.org/10.1093/bib/bbaa115.

5. Yunle Wan†, Jie Li†, Lihan Shen†, Yifeng Zou†, Linlin Hou†, Lixin Zhu†,*, Howard S. Faden, Zhipeng Tang, Mang Shi, Na Jiao, Yichen Li, Sijing Cheng, Yibo Huang, Dingfeng Wu, Zhifeng Xu, Linnuo Pan, Jun Zhu, Guangjun Yan*, Ruixin Zhu*, Ping Lan*, (2020). Enteric involvement in hospitalised patients with COVID-19 outside Wuhan. The Lancet Gastroenterology & Hepatology

6. Na Jiao†, Susan S Baker*, Adrian Chapa-Rodriguez, Wensheng Liu, Colleen A Nugent, Maria Tsompana, Lucy Mastrandrea, Michael J Buck, Robert D Baker, Robert J Genco, Ruixin Zhu*, Lixin Zhu*. (2018). Suppressed hepatic bile acid signalling despite elevated production of primary and secondary bile acids in NAFLD. Gut. 67(10):1881-1891. ESI高被引论文

7. Na Jiao†, Susan S. Baker, Colleen A. Nugent, Maria Tsompana, Liting Cai, Yong Wang, Michael J. Buck, Robert J. Genco, Robert D. Baker, Ruixin Zhu*, Lixin Zhu*. (2018). Gut microbiome may contribute to insulin resistance and systemic inflammation in obese rodents: a meta-analysis. Physiological Genomics. 50(4):244-254. APSselect award (https://www.physiology.org/toc/apsselect/5/4)

8. Ruixin Zhu†, Susan S Baker, Cynthia A Moylan, Manal F Abdelmalek, Cynthia D Guy, Fausto Zamboni, Dingfeng Wu, Weili Lin, Wensheng Liu, Robert D Baker, Sugantha Govindarajan, Zhiwei Cao, Patrizia Farci, Anna Mae Diehl*,Lixin Zhu*. (2016). Systematic transcriptome analysis reveals elevated expression of alcohol-metabolizing genes in NAFLD livers. Journal of Pathology. 238(4):531-42.

9. Lei Liu†, Maria Tsompana, Yong Wang, Dingfeng Wu, Lixin Zhu*, Ruixin Zhu*. (2016). Connection Map for Compounds (CMC): A Server for Combinatorial Drug Toxicity and Efficacy Analysis. Journal of chemical information and modeling. 56(9):1615-21.

10. Jun Gao†, Qingchen Zhang†, Min Liu, Lixin Zhu, Dingfeng Wu, Zhiwei Cao, Ruixin Zhu*. (2016). bSiteFinder, an improved protein-binding sites prediction server based on structural alignment: more accurate and less time-consuming. Journal of cheminformatics. 8:38.

11. Dingfeng Wu†, Tianyi Qiu†, Qingchen Zhang, Hong Kang, Shaohua Yuan, Lixin Zhu*, Ruixin Zhu*. (2015). Systematic toxicity mechanism analysis of proton pump inhibitors: an in silico study. Chemical research in toxicology. 28(3):419-30.

12. Dingfeng Wu†, Qi Huang, Yida Zhang, Qingchen Zhang, Qi Liu, Jun Gao, Zhiwei Cao*, Ruixin Zhu*. (2012). Screening of selective histone deacetylase inhibitors by proteochemometric modeling. BMC Bioinformatics. 13:212. 

主编教材

《计算机辅助药物设计：基本方法原理概要与实践详解》，朱瑞新编著，大连理工大学出版社，2011年，ISBN 978-7-5611-6104-3。

（国内“计算机辅助药物设计”第一本本科生专业教材，获正规nba买球首届本科生优秀教材奖）

教学情况

1.2020-, 宏基因组学(生命科学、医学、药学、地球科学和环境科学等专业)

2.  2015-2017，计算基因组学(生物信息专业) 

3.2014-2015，生物信息学II(拔尖班)

4.2011-2014，生物信息学实验(生物技术专业)

5.2010-，课程设计(生物信息专业)

6.2009-，计算机辅助药物设计(生物信息专业)

获得荣誉

1.2019年，正规nba买球优秀博士学位论文指导教师。

2.2019年，正规nba买球“优秀毕业设计指导教师”(生物信息专业唯一名额，再次蝉联)。

3.2018年，正规nba买球“优秀毕业设计指导教师”(生物信息专业唯一名额，再次蝉联)。

4.2017年，正规nba买球正规nba买球“年度考核优秀科研工作者”。

5.2017年，正规nba买球“优秀毕业设计指导教师”(生物信息专业唯一名额，再次蝉联)。

6.2016年，正规nba买球“优秀本科生教材二等奖”。

7.2016年，正规nba买球“优秀毕业设计指导教师”(生物信息专业唯一名额，蝉联)。

8.2015年，正规nba买球正规nba买球“先进工作者”。

9.2015年，正规nba买球正规nba买球“年度考核优秀教师”。

10.2015年，正规nba买球年度考核被评为“校优”(排名第一)。

11.2015年，正规nba买球“优秀毕业设计指导教师” (生物信息专业唯一名额)。

12.2012年，正规nba买球“教学奖二等奖”。

13.2012年，正规nba买球“优秀青年教师优青计划” (英才计划)。

14.2012年，正规nba买球正规nba买球首届“教学贡献奖二等奖”。

15.2010年，首届正规nba买球“优秀青年教师培育计划” (英才计划)。